关于我

大家好，我是智超。80后计算生物学研究学者，全球RNA三级结构预测比赛组织者，现居剑桥，于EMBL-EBI和Sanger研究所从事研究工作。

我的研究方向是:

• 计算结构生物学

  • RNA-Puzzles, 全球RNA三级结构预测比赛。

    生物分子三维结构折叠的问题是100个最重要的科学问题之一，10大生物信息学问题之首。全球蛋白质结构预测比赛CASP开始于1994年，两年一届。Eric Westhof教授(欧洲、法国科学院院士)在2011年发起了RNA-Puzzles，即全球RNA三级结构预测比赛。我从2012年开始负责RNA-Puzzles的组织工作，并于2016年10月成功组织第一次全球大会。RNA-Puzzles之下还有一些子课题：例如，Unknown Rfam Puzzle Project, 与Rfam合作发掘难以被实验解析的RNA结构，并组织科学家攻克这些难题。

  • 蛋白质-RNA相互作用。

    发表了RNA结合位点预测算法RBscore，提出RNA／DNA与蛋白的相互作用的原理类似，提出了RNA-蛋白质结合的“funnel”模型。本人现师从蛋白质-RNA相互作用专家Matthias Hentze教授(欧洲、德国科学院院士)。

  • 蛋白质侧链结构预测与蛋白质设计。

    2010年，我开发了快速蛋白质侧链结构预测算法RASP，该算法比所有预测算法快10倍以上，仍能保持相当的准确率。随后，受邀Daisuke Kihara教授参加了第三版《蛋白质结构预测》的编撰。并与多个实验室建立了合作关系。

• 单细胞RNA测序(single cell RNA-seq)

  • batch effect correction

    scRNA-seq中因为时间，样本，buffer等因素的差异，结果存在“批次效应”，即无法确定细胞之间的差异是因为生物学本质的差异还是因为批次效应引起的。用计算方法矫正批次效应是单细胞RNA测序的一个关键问题。本人与亥姆霍兹计算生物学研究所所长Fabian Theis教授实验室合作，研究分析批次效应的算法。

  • 人类细胞图谱计划(Human Cell Atlas/Fetal Cell Atlas)

    人类细胞图谱计划是一项后基因组时代有划时代意义的国际合作项目，由陈-扎克伯格基金资助，旨在为人体40万亿个细胞在转录组层面绘制“地图”。计划用10X和Drop-seq确定每个组织细胞的大致分类，再用Smart-Seq2确定具体的细胞转录组基因表达情况。胎儿细胞图谱计划是人类细胞图谱计划的重要组成部分，通过对胎儿细胞的单细胞测序分析，确定人类细胞的发生发育过程，及过程中基因的表达调控。具有极其重要的生物学医学价值。